Un changement soudain ou un problème récurrent ? Vous vous demandez si votre site est “en bonne santé” écologique ?
Microbia Environnement vous propose un check-up en faisant l’inventaire complet des espèces microbiennes présentes dans l’eau par metabarcoding.
Cette approche consiste en un séquençage haut-débit de l’ADN microbien présent dans l’eau et un traitement bioinformatique pour analyser les empreintes génétiques de groupes cibles : bactéries, cyanobactéries, protozoaires.
L’analyse permet de dresser une liste exhaustive et semi-quantitative des espèces présentes et d’avoir ainsi une vision complète de la communauté microbienne.
Le metabarcoding représente une technologie de pointe dans le champ de l’écologie microbienne, les microorganismes étant largement sous-estimés dans les inventaires classiques qui se basent sur des analyses visuelles (microscopie, mise en culture) ne permettant pas une identification taxonomique précise.
En utilisant le metabarcoding à des moments-clés (effets saisonniers, évènements météo) et en reliant les données obtenues aux observations de terrain, il est possible d’évaluer et de suivre l’état de santé d’un écosystème grâce à des organismes identifiés comme bioindicateurs. C’est également un outil puissant pour mettre en avant des changements spatiaux (transect amont-aval), l’impact d’une installation (STEU, STEP) ou l’effet d’un traitement (entrée/sortie). Enfin, ce listing permet de connaître les risques sanitaires liés aux proliférations d’organismes pathogènes et toxinogènes.