Diagnostic microbiologique

points microbia environnement  Inventaire génétique de la communauté microbienne d’un site par metabarcoding

Un changement soudain ou un problème récurrent ? Vous vous demandez si votre site est “en bonne santé” écologique ?

Microbia Environnement vous propose un check-up en faisant l’inventaire complet des espèces microbiennes présentes dans l’eau par metabarcoding.

Cette approche consiste en un séquençage haut-débit de l’ADN microbien présent dans l’eau et un traitement bioinformatique pour analyser les empreintes génétiques de groupes cibles : bactéries, cyanobactéries, protozoaires. 

L’analyse permet de dresser une liste exhaustive et semi-quantitative des espèces présentes et d’avoir ainsi une vision complète de la communauté microbienne.

Le metabarcoding représente une technologie de pointe dans le champ de l’écologie microbienne, les microorganismes étant largement sous-estimés dans les inventaires classiques qui se basent sur des analyses visuelles (microscopie, mise en culture) ne permettant pas une identification taxonomique précise.

En utilisant le metabarcoding à des moments-clés (effets saisonniers, évènements météo) et en reliant les données obtenues aux observations de terrain, il est possible d’évaluer et de suivre l’état de santé d’un écosystème grâce à des organismes identifiés comme bioindicateurs. C’est également un outil puissant pour mettre en avant des changements spatiaux (transect amont-aval), l’impact d’une installation (STEU, STEP) ou l’effet d’un traitement (entrée/sortie). Enfin, ce listing permet de connaître les risques sanitaires liés aux proliférations d’organismes pathogènes et toxinogènes.

inventaire microorganismes

Identification et suivi du microbiome aquatique 

Bioindicateurs – Pathogènes – Toxinogènes

 

A partir de 500€ / analyse : 1 site, 1 biomarqueur (par ex. bactéries).

Puis 150€ par biomarqueur additionnel (cyanobactéries, protozoaires)

Ce tarif inclue :

  • la définition d’une stratégie d’échantillonnage “sur mesure”
  • une formation pour les prélèvements, le matériel nécessaire (flaconnage, réactifs), conditionnement et envoi postal – option de sous-traitance possible
  • l’acquisition de données génétiques et de paramètres environnementaux
  • un rapport détaillé du statut microbien et de l’état de santé de l’écosystème
  • un support technique afin de fournir des recommandations adaptées à la gestion du site : proposition de suivi (temporalité, type d’échantillonnage), choix des tests microbiologiques à mettre en place, orientation vers des solutions de traitement, option de déployer un système d’alerte précoce pour les proliférations de microalgues/cyanobactéries toxiques en utilisant nos biocapteurs génétiques.

IMPORTANT : ces analyses de séquençage du microbiome aquatique sont intégrables dans les PGSSE (Plans de Gestion de la Sécurité Sanitaire des Eaux) – nouvelle directive EAU POTABLE européenne 2020/2184, rendant obligatoire depuis janvier 2021, la mise en place de mesures afin d’assurer une bonne qualité de l’eau à la source et une prise en compte des risques par les producteurs et distributeurs d’eau potable.

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