Le diagnostique écologique

A quoi ça sert ?

Faire l’inventaire des microorganismes présent dans le milieu : A travers une analyse bioinformatique complexe, le métabarcoding permet une exploration sans a priori, exhaustive et semi-quantitative de la biodiversité d’un environnement pour identifier et inventorier les organismes présents. 

L’analyse en microarray, permet par la suite, de détecter simultanément l’activité d’un maximum de 30 genres/espèces, et de suivre leur tendances de prolifération, sur le même principe que nos prestations biocapteurs.  

 

Comment ça marche ?

Dans le cadre de notre prestation ‘Diagnostique écologique” l’analyse débute par une extraction du matériel génétique héréditaire. Le but est d’amplifier des marqueurs spécifiques des lignées recherchées. Ces marqueurs génétiques spécifiques sont alors séquencés par la technologie nouvelle génération Illumina MiSeq, c’est le métabarcoding. Cette méthode limite le taux d’erreur d’identification, permet d’obtenir un grand nombre de séquences (profondeur de séquençage) et garantie la fiabilité des analyses. 

Les résultats du séquençage donne “les fiches d’identités” des organismes présents dans l’échantillon analysé et détermine leur appartenance à une famille ou un groupe. 

Le métabarcoding permet également d’obtenir l’abondance relative des organismes identifiés qu’ils soient vivants ou morts, il n’indique en aucun cas l’état d’activité ou le potentiel pathogénique de l’organisme identifié. 

Une fois les organismes cibles identifiés via les résultats obtenus en métabarcoding, une microarray peut être produite sur mesure pour cibler microorganismes qui vous intéressent, de façon à anticiper ou simplement suivre leur prolifération sur votre site. 

 

en savoir plus

Le métabarcoding

La microarray

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Les technologies développées et mise sur le marché par Microbia Environnement ont été testés et validé sur site pilote et font aujourd’hui l’objet de brevets déposés sous les identifiant PCT/EP2019/074910 et WO2015008011, et de publications scientifiques.